JTAG 接口的输入引脚通常设计为高阻抗，这使得它们对静电电荷积累非常敏感，由于JTAG 接口需要频繁连接调试器、下载线缆等外部设备，插拔过程中极易因摩擦产生静电。JTAG 接口经常会有带电拔插的情况，这不可避免地会产生静电或浪涌电流。JTAG 接口的引脚直接与 FPGA 内部的测试访问端口（TAP）控制器和配置电路相连，这意味着外界的异常电压或电流可以直接作用于这些关键的内部电路，没有太多的缓冲和保护。如果接口受到过压、过流的影响，损坏很可能会迅速蔓延到内部核心电路，造成严重的后果。
传统FPGA开发板通常扩展出FPGA的Jtag接口，需用户对照Jtag接口线序和电源管脚手动连接外部烧录器（如下图），在初学者当中常易出现不当的操作，如在板卡通电的情况下插/拔jtag接口以及Jtag接口线序连接错误（特别是电源接反）等情况，很可能会导致FPGA器件的损坏。
若损坏发生在 FPGA 芯片内部，这种情况的维修难度极大，通常需要专业的设备和技术，成本较高，且成功率不一定能得到保证。所以FPGA的JTAG 接口一旦烧坏，意味着FPGA芯片已如同“板砖”，重新配置和调试功能基本不可用。
Jtag接口对FPGA的开发、调试、测试及维护具有不可替代的意义，是 FPGA 从 “空白芯片”到“定制化电路”的必经之路，也是将FPGA内部信号实时抓取并传输至 PC 端，实现对复杂时序逻辑的可视化调试，快速定位信号毛刺、时序违例等问题重要手段。
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